纯祖一年，丁若铨（薛景求饰）因受辛酉迫害事件影响被发配到遥远的黑山岛。来到岛上后，丁若铨对这里的海洋生物产生了浓厚的兴趣，并决定写一本关于海洋生物的书籍。他向在这里土生土长、熟识各种海洋生物的青年渔夫昌大（卞耀汉饰）寻求帮助，但最初昌大因丁若铨是戴罪之身而拒绝。后丁若铨了解到昌大在自学识字的过程中常遇到困难，于是提议将各自擅长的知识教授对方，昌大最终同意，两人也在相互碰撞中成为了彼此的良师益友。然而，丁若铨在得知昌大学习的目的是为仕途后大失所望，昌大也明白两人各有志向，亦师亦友的二人决定分道扬镳……
黑白影像里流淌着思想的光泽，《兹山鱼谱》以古籍残页般的质感，在银幕上展开一幅朝鲜王朝的流放者图卷。薛景求饰演的丁若铨甫一出场便带着士大夫的嶙峋风骨，却在海风侵蚀中逐渐褪去儒袍，化作与潮汐共生的观察者。卞约汉演绎的昌大犹如礁石般棱角分明，私生子身份铸就的倔强与渴望认同的炽热，在渔火明灭间碰撞出师徒情谊的裂痕。
影片用前一个半小时铺陈的欢快节奏像海面浮光，当丁若铨记录下第一条鱼鳃构造时，知识传递的纯粹快乐几乎要溢出画面。李濬益导演将辛酉迫害的政治阴云处理成水墨留白，反而让黑山岛居民围坐学习识字的场景显出荒诞的诗意——被贬官员教渔民写“鳕”字的画面，比任何历史教科书都更锋利地剖开儒家体系的困境。昌大深夜挑灯苦读的身影与丁若铨解剖鱼腹的双手交替闪现，科举梦与自然志的较量在暗处悄然发酵。
暴风雨来临前的渔船戏堪称全片隐喻巅峰。当昌大质问“圣贤书为何救不了渔民”时，浪涛声里翻涌着整个东亚儒学的危机。丁若铨蘸着鱼血写下“王道不在龙椅，在鳞甲之间”的镜头，其颠覆性不亚于百年后知识分子面对坚船利炮的觉醒。黑白色调在此达到美学巅峰：朝堂朱笔化为岛上炭笔，官服补子演变为鱼鳞图谱，权力场的失意者最终在潮间带重建了知识分子的尊严。
结局彩色画面的破格出现令人震颤。当那只沾满泥浆的手握住昌大遗留的毛笔，海水漫过经文写就的堤岸，某种超越君臣父子的生命形态在银幕上徐徐舒展。丁若铨遗书中“愿作兹山一尾泥鳅”的独白，与昌大漂泊小船形成环形构图，暗示着逃离庙堂者终将在民间找到真正的经世之道。