有一天，冲绳附近的海域出现了一种奇怪的生物。 “它”的外形类似于棘冠海星，它的毒液会伤害渔民，并迅速蔓延到整个日本。这是怪物达嘎拉 (Dagahra) 复活的预兆，达嘎拉是由传说中的古代文明 Nirai Kanai 创造的，作为解决环境污染的生物净化系统，但它失去了控制，最终导致了 Nirai Kanai 的灭亡。埃利亚斯姐妹察觉到地球危机，飞到石垣岛，那里出现了一只名叫 Gogo 的小生物，它来自 Nirai Kanai。大陆的盗猎者从 Gogo 尾巴上的装饰环得知那里有宝藏，一些当地女孩收养了 Gogo。艾利亚斯姐妹知道“尼莱卡奈遗迹中藏有可以打败达加拉的宝藏”的传说。少女们、艾利亚斯姐妹以及与姐妹们发生冲突的偷猎者兼黑仙女贝尔贝拉结成团队出海。在Gogo的引导下，Nirai Kanai的金字塔遗址从海中浮现出来。然而，当她们寻找宝藏时，达嘎拉降临石垣岛并开始肆虐，于是伊莱亚斯姐妹召唤了摩斯拉与他战斗。达嘎拉与魔斯拉在从石垣岛到西表岛的空中展开了战斗，之后又在金字塔遗址附近展开了海底战斗，魔斯拉被擅长海战的达嘎拉拖入海中。然后，达嘎拉将“它”——无数的贝伦——附着在魔斯拉身上，使她无法战斗。埃利亚斯拼命想要除掉附着在魔斯拉身上的贝伦，但是贝伦数量实在太多，根本无法除掉。摩斯拉陷入绝境，寻找宝藏已成当务之急。逃离遗迹中的陷阱后，少女们和偷猎者到达了一个大厅，那里有一幅 Nirai Kanai 公主的三维图像，告诉她们 Gogo 已经选择了少女 Shiori 作为宝藏的主人。然而，达嘎拉攻击了金字塔！金字塔倒塌后，魔斯拉能够利用戈戈的“生命之水”的力量去除附身于她的贝伦，她变成了彩虹魔斯拉，力量更加强大，并再次与达嘎拉战斗。形势已经和之前完全不同了，现在是摩斯拉占了上风。当达嘎拉再次潜入海中时，魔斯拉化身为水之魔斯拉，战斗转移到了海底。魔斯拉用屏障抵挡达加拉的攻击，并对达加拉发动强大的攻击。随后他化作分身形态，从达加拉体内发起攻击，一路击败了贝伦，最终导致达加拉坠落，并与金字塔一起消失。魔斯拉脱离海面之后，变回了原来的样子——彩虹魔斯拉，回到了婴儿岛，危机结束。
当银幕上冲绳海域泛起幽蓝波光时，《摩斯拉2 海底大决战》用一场充满原始野性的生态寓言，将观众拽入对现代文明的反思漩涡。这部由三好邦夫执导、平成摩斯拉三部曲承前启后的作品，以特摄美学独有的粗粝质感与象征意味，在1997年的日本影坛投下一枚深水炸弹。
小林惠饰演的研究者与山口纱弥加演绎的守护者，在片中呈现出截然不同的生存哲学。前者手持仪器测量污染指数时的颤抖指尖，后者面对神像跪拜时脊背绷紧的弧度，两种表演在实验室白炽灯与海底遗迹幽绿荧光的交织中碰撞出火花。尤其当满岛光饰演的冲绳少女赤足踩过珊瑚礁，其稚嫩却坚定的眼神成为贯穿全片的情感锚点——这是她演艺生涯的起点，也是影片最令人难忘的人文注脚。达哥拉从深海浮现时，镜头刻意压低视角，让怪兽鳞片间流淌的毒液与渔民伤口渗出的血珠形成视觉同构，这种具象化的环境污染隐喻，远比任何台词都更具冲击力。
叙事采用双线并进的精妙结构：陆地上的专家组试图破解古代文明密码，海底的摩斯拉则正进行蜕变式的战斗。当人类在实验室里争论数据模型时，摩斯拉吸收生命之水进化为彩虹形态的瞬间，导演用升格镜头扫过它鳞翼折射出的七色光谱，暗示自然修复力的不可量化性。尼拉加纳文明的悲剧在此重现，那些刻在石壁上的符文不再是神秘图腾，而是写给当代人的警示录——科技失控的代价，终将由整个生态系统偿还。
配乐师渡边俊幸打造的声景系统尤为惊艳。海浪声场里混杂着机械运转的低频噪音，贝雷姆结晶体生长时的晶体共振音效，甚至达哥拉呼吸时气泡破裂的细微声响，共同编织成压迫感十足的听觉牢笼。当摩斯拉最终冲破水面，管弦乐骤然迸发的壮丽旋律，恰似给窒息已久的观众递上救赎的氧气面罩。
相较于传统怪兽电影的直白对抗，本片选择用文明解构文明。密猎者觊觎的宝藏不过是净化系统的启动钥匙，这个设定巧妙翻转了探险片的叙事逻辑。而摩斯拉与果果的共生关系，则通过几个轻盈的触须碰触动作完成表达，无需语言便传递出万物互联的东方智慧。当片尾字幕升起时，那些仍在旋转的漩涡仿佛提醒我们：真正的决战不在深海，而在人类何时学会放下傲慢，倾听自然的心跳。